Se trata del elemento más característico de la construcción, conservada de la primitiva iglesia mudéjar. Estructuralmente pertenece a la tipología de alminar almohade, a base de dos torres octogonales, una exterior y otra interior, con rampa de escaleras entre ambas cubierta por bóvedas de ladrillo por aproximación de hiladas. La torre interior queda dividida en altura en estancias superpuestas, cinco en total más un campanario. Estas cinco estancias son de planta circular y van cubiertas por cúpulas hemiesféricas. El cuerpo de campanas está formado únicamente por la torre externa y se cubre con cúpula de ocho paños.
Al exterior, la torre de San Pablo se articula en siete pisos de altura, separados por sencillos frisos de esquinillas. Dichos pisos presentan, desde abajo, la siguiente decoración: los dos primeros quedan ocultos por el claustro, pero su decoración original está realizada a base de decoración de espiga en el más bajo y de, arcos de medio punto entrecruzados en el siguiente; le siguen tres pisos carentes de decoración y un cuerpo de campanas con vano en arco apuntado por cada lado de la torre que aloja dos vanos gemelos túmidos y partidos por un pilar de ladrillo; bajo ellos se repite el friso de arcos de medio punto entrecruzados y sobre los mismos, un paño decorativo de cruces de múltiples brazos formando rombos y alternando el número de quiebros.
Hasta aquí sería la fábrica de la torre primitiva que quedaría rematada por un chapitel apiramidado octofonal. Los dos últimos cuerpos, el formado por tres vanos apuntados por cada cara, y el cuerpo superior, añadido en el XVII junto con el capitel, en el que se abren dos vanos de medio punto por cada lado con decoración de azulejos sencillos. Este chapitel fue renovado en 1849 según diseño del arquitecto José de Yarza y Miñana.